有機食品的生產全過程、加工、包裝和運輸都必須使用有機生產方式，絕對不能使用化學農藥、化肥、生長調節劑、抗生素、添加劑、防腐劑等人工合成的化學物質，所以生產有機食品的能源雖然減少了，但是其他方面的成本也增加了。

1、人力成本

由于不能使用人工合成的肥料、農藥、生長調節劑、除草劑、殺蟲劑，所以在有機食品生產過程中，耗費的人力也比較大。比如需要人工除草、人工施肥、甚至人工除蟲等。

2、時間成本

有機食品的生產周期長、產量沒有普通農業高。因為有機食品嚴禁使用轉基因品種、化肥、生長調節劑、激妻等能有效縮短牛產時間的物質，所以有機食品的單位產量比普通食品少得多。

3、認證成本

由于有機生產過程的嚴格要求，生產商需要建立全新的生產、監控和追蹤體系，另外有機認證機構在地塊、育種、生產資料、生產環境、成品檢測等生產全流程的檢測認證成本也比較高。

4、儲存和運輸成本

由于有機食品不能添加防腐劑、添加劑，因此對于儲存和運輸過程中的溫度、濕度、時間等要求也比較高。因此為了在儲存和運輸過程中，保持穩定的冷藏和保鮮條件以及縮短運輸時間，其中的成本也比普通食品高很多。

5、市場需求增加

隨著生存環境越來越差，食物安全問題越來越多，人們對于健康問題也更重視，無化學殘留的有機食品更符合人們的健康訴求，因此市場上有機食品供不應求的現狀也給了很多商家操作價格的空間。

國內目前的有機認證和有機市場體系還沒有很完善，所以有機食品現在出現虛高價格也算是正常現象。按照歐美比較成熟的有機產業發展模式來看，等到有機產業逐漸規?；a業化之后，有機食品的成本也會相應下降。